Проблему с пакетами, которые норовят остаться в первоначальном виде, я словил, когда устанавливал MonoDevelop на Linux Mint 22. Часть пакетов Mono не хотели обновляться и усиленно игнорировали любые попытки ручных обновлений.
Исправить ситуацию можно с помощью команды:
sudo apt dist-upgrade
Параметр dist-upgrade не просто обновляет пакеты, в отличии от обычного upgrade, он устраняет все конфликты и чинит ошибки зависимостей.
Откорректировать установочный процесс можно с помощью команды:
sudo apt install -f
Эта команда исправляет проблему зависимостей, возникающих при установке пакетов. Кстати, на Debian терминал заботливо подсказал команду:
sudo apt --fix-broken install
Которая, в сущности, эквивалентна команде install -f и тоже вполне успешно накатывает потерявшиеся зависимости.